El 27 de octubre de 1954 inició sus operaciones la primera Planta de Tratamiento de Agua Potable, que se instaló en el barrio El Milagro, en ese entonces la zona más alta de la ciudad, con la cual se abastecía a menos de 2 mil pobladores. En su proceso histórico, inicialmente perteneció al Ministerio de Fomento y Obras Públicas, luego a SENAPA y pasó de acuerdo a ley, a ser empresa para municipal, bajo la supervisión del Ministerio de Vivienda, Construcción y Saneamiento.

Durante este proceso histórico, la infraestructura y el número de usuarios fue extendiéndose progresivamente, ampliándose la cobertura hacia localidades urbanas del ámbito departamental. Sin embargo, el desarrollo económico de la empresa no fue a la par de su expansión física, generando un desfase en la cobertura de las necesidades de la población, llegando a fines de 1996 a declararse en estado de insolvencia empresarial.

En el año 2004, los consejos provinciales de Tumbes, Zarumilla y Contralmirante Villar deciden dar en concesión los servicios de saneamiento para lo que se convoca una licitación internacional especial en junio del año siguiente resultando ganador de la buena pro el Consorcio Latinaguas – CONCYSA, que constituye la empresa Aguas de Tumbes S.A., la cual empieza a operar el 1 de octubre del 2005.

 A finales del año 2005, el gobierno peruano autorizó un Contrato de Préstamo y Aporte Financiero del Banco Alemán KfW para el Programa de Mejoramiento y Ampliación de los servicios de Agua Potable y Alcantarillado de Tumbes, que ha venido ejecutándose a través de los planes maestros optimizados PMO, vigilados estrictamente por SUNASS y Dirección Nacional de Saneamiento DNS.

El 13 de un septiembre del 2011, la empresa colombiana Aguas de Manizales S.A. ESP adquirió mediante un proceso de transacción, las acciones mayoritarias de Aguas de Tumbes, iniciando a partir de la fecha la administración de la empresa.

El 02 de noviembre del 2015, los representantes de las municipalidades provinciales de Tumbes, Zarumilla  y Contralmirante Villar, mediante convenios, deciden delegar al Ministerio de Vivienda, Construcción y Saneamiento las funciones y competencias para que éste pueda renegociar el contrato de concesión de la gestión integral de la infraestructura y los servicios que mantienen con la EPS Aguas de Tumbes S.A. A raíz de esta delegación el Gobierno Peruano promete una inyección de recursos económicos por más de 300 millones de soles para los siguientes años.

De acuerdo al contrato de concesión, Aguas de Tumbes S.A. tiene a cargo la mejora, ampliación, mantenimiento, operación y explotación de la infraestructura y los servicios de agua potable y alcantarillado sanitario en la jurisdicción de los municipios provinciales  de Tumbes, Zarumilla y Contralmirante Villar y los municipios distritales correspondientes.

Actualmente tiene una cobertura de 38 mil usuarios en 15 localidades. Su principal fuente de captación es el río Tumbes, de la cual opera la Planta de Tratamiento El Milagro (con dos plantas independientes) para abastecer a las localidades de Tumbes y Corrales. De la misma fuente se capta agua cruda para la Planta de Tratamiento La Peña que abastece a la localidad de San Jacinto  y para las localidades de La Cruz y Zorritoslo hace desde el Canal Troncal de Irrigación de la Margen Izquierda hacia la estación ubicada en la Planta de Tratamiento Los Cedros.

Cuenta con 03 galerías filtrantes para abastecer las localidades de San Juan de la VirgenPampas de Hospital y Matapalo. Otros sistemas de captación a través de fuentes subterráneas que permiten el procesamiento y abastecimiento de agua potable a las localidades de Nuevo Tumbes (Andrés Araujo), Puerto PizarroZarumillaAguas VerdesPapayalUña de Gato y Canoas de Punta Sal.